默克限制性內切酶是一種能夠識別雙鏈DNA分子中特定核苷酸序列，并在特定位置切割DNA鏈中的磷酸二酯鍵的一類酶，簡稱限制酶。不同的限制性內切酶會識別不同的DNA序列，它可以在識別序列內或距識別序列不遠的位置處切割DNA，酶切之后會形成不同類型的產物。
默克限制性內切酶常用于分子克隆實驗中。但除了克隆，它還可以應用于疫苗研發生產、基因測序、SNP鑒定、ddPCR等領域。限制性內切酶的命名主要是根據細菌的屬名、種名、菌株或血清型、發現的順序而定。
在使用商品化的限制性內切酶進行雙酶切時，一定要注意二者共用的Buffer，選錯了，試驗就會面臨失敗。膠回收時，一定要使用適用于膠回收的核酸染料。
每一個限制性內切酶就是一把手術刀，它們能夠識別特定的堿基序列準確切割。在使用這些酶切割后，會產生平末端和粘性末端。根據自己的需要做一些設計，一般來說，我們使用粘性末端連接多些。
在分子克隆試驗中，我們常用II型的限制性內切酶，比如BamHI、HindIII、EcoRI等等。利用它們做單酶切或雙酶切，構建重組質粒。一般酶切為37℃，3－4小時。酶切時間過短會造成切開的效率不高，過長會造成非特異性切割。有些酶具有典型的星號活性，即在一定條件下出現亂切。
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